Enemmistö Karvianjoen vesistön joista ja järvistä on tyydyttävässä ekologisessa tilassa, mutta erinomaisessa tilassa ei ole yksikään. Huonoimmassa kunnossa ovat Karvianjoen alkulähteet Karvianjärvi, Kirkkojärvi ja Suomijärvi sekä Suomijoki, jotka ovat rehevöityneet välttävään tilaan.
Karvianjoen alkulähteet välttävässä kunnossa – Merikarvian kohdalla joen tila on hyvä
ELY-keskus on asettanut tavoitteeksi, että Karvianjoen vesistön hyvä tila saavutetaan vuonna 2027.
Karvianjoen vesistöllä on kolme laskujokea Selkämereen: Merikarvianjoki, Pohjajoki ja Eteläjoki. Vesistön lukuisia järviä säännöstellään, ja vesistössä on useita vesivoimalaitoksia.